Jean-Paul Auffray a fait ses études supérieures en physique et mathématiques à l’université Columbia à New-York, puis au Courant Institute of Mathematical Sciences où, en qualité de chercheur et d’enseignant, il a côtoyé quelques-uns des grands mathématiciens de l’université de Gomulttingen, émigrés aux États-Unis lors de la Seconde Guerre mondiale.